La Junta del Centro es un órgano colegiado de gobierno y administración del CUGC, compuesto por oficiales del Centro Universitario y de la Academia de Oficiales, así como por los directores académicos de la Universidad Carlos III de Madrid y representantes del alumnado y del personal de apoyo y servicios del CUGC. Entre los asuntos tratados en esta reunión se encuentran la puesta en conocimiento de la memoria académica del CUGC en el curso lectivo 2019-2020, donde se ha puesto de manifiesto la rápida reacción del Centro para la impartición de docencia online durante el período de confinamiento provocado por la pandemia COVID-19, docencia impartida a través del aula virtual del CUGC.
Una vez terminada la Junta del Centro, se ha dado inicio a la Comisión de docencia, donde se ha puesto en conocimiento a todos los asistentes de los resultados obtenidos tanto en los grados universitarios como en los cursos de posgrado que imparte el CUGC durante el primer cuatrimestre del curso lectivo 2020-2021. Entre estas actividades docentes, se ha puesto de manifiesto el incremento de cursos de expertos universitarios, estando en proyecto la creación de dos nuevos: Uno que trate asuntos de violencia de género y otro sobre asuntos de fiscal y fronteras. Cabe destacar que el Centro Universitario actualmente imparte tres másteres oficiales y cuatro cursos de expertos universitarios.
